由于氣調庫的建筑、設備的特殊性，氣調庫的安全管理也是十分重要的工作。
1.庫房圍護結構的安全管理
氣調庫是一種對氣密性有特殊要求的建筑物，庫內外溫度的變化，以及在氣調設備的運行中，都可能引起庫房圍護結構兩側壓差變化。壓差值超過一定的限度，就會破壞圍護結構，這點不可因氣調庫設置了安全閥和調氣袋就可以掉以輕心。
2.人身安全管理
要求氣調庫的操作、管理人員一定要掌握安全知識。氣調庫內氣體不能維持認得生命，不可像一出入冷藏庫那樣貿然進入氣調庫，必須熟練掌握呼吸裝置的使用。
為了保證人身安全，必須制定下管理措施，以防止發生人身傷亡事故。
①在每扇氣調庫的氣密門上，書寫醒目的危險標志如：“危險--庫內缺氧，未帶氧氣罩者禁止入內！”封門后，氣密門及其小門應加鎖，防止閑雜人員誤入。
②需進入氣調庫維修設備或檢查貯藏質量時，需兩人同行，均戴好呼吸裝置后，一人入庫，一人在窗外觀察，嚴禁兩人同時入庫作業
③至少要準備兩套完好的呼吸裝置，并定期檢查其可靠性
④經常開展安全教育，使所有的操作管理人員樹立強烈的安全意識。
